Cuando las “Sirens”, una fuerza extraterrestre con un arsenal que supera con creces la tecnología actual, aparecieron de repente, una humanidad dividida se apoyó entre sí por primera vez en la historia. Cuatro países, Eagle Union, Royal Navy, Sakura Empire y Iron Blood, formaron “Azur Lane”, allanando el camino para la mejora de la guerra moderna, lo que condujo a una primera victoria contra la amenaza común. Sin embargo, esta tenue unión se vio amenazada por dos ideales opuestos, dividiendo la alianza en dos y fragmentando nuevamente a la humanidad.
Como combatiente experimentada, Enterprise, apodada el “Grey Ghost”, lleva el “Azur Lane” en sus hombros con la esperanza de dar fin a la guerra. Pero detrás de su persona estoica se esconde una chica frágil, con miedo al océano. Aun así, sigue luchando porque cree que es el único propósito de su existencia. Mientras tanto, Javelin, Laffey y Unicorn —tres naves de la Unión— tropiezan con Ayanami, una espía de Red Axis. Por extraño que parezca, intentan entablar amistad con ella, pero como enemigos, sus esfuerzos son inútiles. Aun así, perseveran con la esperanza de conseguirlo algún día.