Después de salir victorioso de un brutal torneo clandestino, Baki Hanma continúa su camino para derrotar a su padre, Yuujirou, el hombre más fuerte del mundo. Sin embargo, no tiene tiempo para descansar cuando el corredor del torneo, Tokugawa Mitsunari, lo visita en la escuela. Él le revela a Baki que cinco reclusos condenados a muerte increíblemente peligrosos de todo el mundo, todos expertos en artes marciales, han escapado simultáneamente del encierro y se dirigen a Tokio, cada uno deseando finalmente conocer el sabor de la derrota. Tokugawa advierte que, debido a su conocida fuerza, Baki se encontrará con ellos tarde o temprano, y no será su único objetivo.
Adaptando la primera saga de la segunda serie de manga, Baki se centra en la guerra total entre los estimados artistas marciales de Japón y los del oscuro mundo subterráneo.
