Han pasado diez años desde el final de Bakumatsu, una era de guerra que vio el levantamiento de los ciudadanos contra el shogunato Tokugawa. Los revolucionarios querían crear un tiempo de paz y un país próspero libre de opresión. La nueva era de Meiji ha llegado, pero aún no se ha logrado la paz. Las espadas están prohibidas, pero la gente sigue siendo asesinada en las calles. Los huérfanos de los veteranos de guerra no tienen a dónde ir, mientras que el gobierno parece contento de llenarse los bolsillos con dinero.
Un samurai errante, Kenshin Himura, sigue trabajando para asegurarse de que los valores por los que luchó valgan las vidas que se sacrificaron para traer la nueva era. Antes conocido como Hitokiri Battousai, fue temido como el asesino más despiadado de todos los revolucionarios. Ahora atormentado por la culpa, Kenshin ha jurado no volver a matar como expiación por las vidas que tomó, y puede que nunca encuentre la paz hasta que matar sea cosa del pasado.
Ahora, en el undécimo año de Meiji, Kenshin se encuentra con Kaoru Kamiya, dueña e instructora principal de un pequeño dojo amenazado de cerrar sus puertas. La fuerza policial es impotente para detener la cadena de asesinatos cometidos en nombre de su dojo por un hombre que afirma ser el famoso Battousai. Las andanzas de Kenshin se detienen por ahora mientras se une a Kaoru para limpiar sus nombres. Pero, ¿cuánto tiempo podrá quedarse antes de que su pasado lo alcance?
